مقدمه
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamics Simulation) به عنوان یکی از روش‌های محاسباتی پرقدرت در زمینه‌های علوم شیمی-فیزیک و زیست‌شناسی مولکولی شناخته می‌شود. این تکنیک این امکان را به ما می‌دهد که حرکت ذرات مولکولی را در سیستم‌های مولکولی بررسی کرده و اطلاعات مهمی از نظر ساختار و پویایی اتم‌ها و مولکول‌ها در سیستم‌های مختلف به دست آوریم. اهمیت بالایی که این تکنیک دارد، آن را به یک ابزار برجسته در تحقیقات علمی و توسعه صنایع تبدیل کرده است. از طراحی دارو تا مهندسی مواد، شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در زمینه‌های متنوعی به کار می‌رود.
هدف
هدف اصلی این پیشنهاد، ارائه خدمات شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با بهره‌گیری از تجربه و تخصص در زمینه محاسبات مولکولی و شبیه‌سازی سیستم‌های مولکولی به مشتریان علمی و صنعتی است. ارائه خدمات داکینگ مولکولی (Molecular Docking) و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی به مشتریان در این حوزه، به بهبود تحقیقات علمی آنها کمک می‌کند و به توسعه محصولات و فرآیندهای صنعتی آنها اساسی می‌شود.
طراحی مطالعه با بهره‌گیری از شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
در اینجا، خدمات طراحی مطالعه در زمینه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با تمرکز بر تخصص و تجربه در حوزه محاسبات مولکولی و شبیه‌سازی سیستم‌های مولکولی به عنوان یک مرحله اساسی در فرآیند ارائه می‌شود. این خدمات به مشتریان علمی و صنعتی کمک می‌کنند تا مطالعات مولکولی خود را با دقت بالا و بهره‌وری انجام دهند.
مراحل ارائه خدمات
هدف و پرسش تحقیقی
مشخص کردن هدف اصلی مطالعه و سوالات تحقیقی با دقت بررسی می‌شود.
انتخاب سیستم مولکولی
تعیین سیستم مولکولی یا ترکیب مولکولی مورد مطالعه با رویکرد داکینگ مولکولی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی.
تعیین پارامترهای مولکولی
مشخص کردن اتم‌ها و پارامترهای ورودی مورد نیاز برای شبیه‌سازی با استفاده از نرم‌افزارهای مدرن.
شرایط شبیه‌سازی
تنظیمات اولیه شبیه‌سازی از جمله دما، فشار، و شرایط اولیه مولکول‌ها مشخص می‌شود. شرایط این شبیه سازی می تواند شامل موارد زیر باشد:
شبیه سازی سامانه کوچک مولکول (پروتئین-لیگاند)، دارو های کوچک – مهارکننده ها، شبیه سازی سامانه های غشایی و سامانه های آمیخته (غشا سلولی، رهایش دارو)، غشا دولایه سلولی، لیپوزوم، مدلسازی رهایش دارو، عبور مواد از غشا، پروتئین های غشایی، کانال های غشایی، یکپارچگی غشا
شبیه سازی مقایسه ای (comparative MD)
بهترین شبیه سازی برای مقایسه دو حالت دینامیکی، دو پروتئین مختلف، حالت متصل و غیرمتصل، دو state پویا، همراه با آنالیز های آماری مفصل و جذاب در زمینه نظریه اطلاعات
انتخاب متدهای شبیه‌سازی
انتخاب متد شبیه‌سازی (مانند MD، Monte Carlo، یا DFT) بر اساس هدف تحقیق.
نقشه زمانی
تعیین مدت زمان شبیه‌سازی و زمان‌بندی انجام مطالعه.
تجزیه و تحلیل داده‌ها
پیشنهاد و ارائه روش‌های تجزیه و تحلیل داده‌های حاصل از شبیه‌سازی.
گزارش‌دهی
تهیه گزارش با نتایج مطالعه جهت استفاده مشتریان در تصمیم‌گیری‌های آتی.
تفکیک خدمات بر اساس دسته‌بندی
دسته یک
شبیه‌سازی سامانه‌های درشت مولکول (پروتئین-پروتئین، نوکلئیک اسید) با درگیری فنی بالا و هزینه بیشتر.
دسته دوم
شبیه‌سازی سامانه‌های کمتر درشت مولکول (پروتئین-لیگاند) با درگیری فنی متوسط و هزینه متوسط.
دسته سوم
شبیه‌سازی سامانه‌های کوچک مولکول (داکینگ مولکولی و غیره) با درگیری فنی کم و هزینه کم.
تحلیل داده‌ها و محرمانگی
انجام تجزیه و تحلیل داده‌ها با استفاده از شاخص‌ها و روش‌های آنالیز مدرن و حفظ محرمانگی داده‌ها تا تصمیم‌گیری‌های اطمینان‌بخش برای مشتریان انجام شود. تحلیل داده ها با جدیدترین شاخص ها و روش های آنالیز، امکان استفاده از یادگیری ماشین (Machine learning)، یادگیری عمیق و هوش مصنوعی (Artificial intelligence: AI) در تحلیل داده ها، اجرای آزمون های آماری و آزمون فرض.
قیمت‌گذاری خدمات
قیمت‌گذاری شخصی‌سازی شده بر اساس نیازهای هر پروژه و هزینه‌های تعیین شده توسط سفارش‌دهنده.
